Page 38 - Laški smilj

Petra Gabrovšek idr.

medtem ko smo v belgijski populaciji ugotovili nizko genetsko raznoli-
kost in klonalnost. V raziskavi smo potrdili domnevo, da so nemške po-
pulacije primerne za translokacijo rastlin v belgijsko populacijo, s čimer
bi omogočili povečan je genetske raznolikosti in evolucijske odpornosti
populacij peščenega smilja v Belgiji.
Za genetske raziskave rastlin so, poleg genomskih in kloroplastnih mi-
krosatelitskih označevalcev, uporabni tudi genski mikrosateliti ali
EST-SSRs. Primerni so za odkrivanje raznolikosti v izraženih regijah ge-
noma in so označevalci tarčnih genov (Andersen in Lübbersteedt 2003).
Tako kot genomski mikrosateliti so tudi genski običajno uporabni za
sorodne vrste (Wöhrmann in Weising 2011). Razvoj označevalcev EST-
-SSRs je odvisen od razpoložljivosti zbirk EST, zato smo na UP FAMNIT
z uporabo enake tehnologije, omenjene pri sekvenciranju genomske
DNA, razvili transkriptom laškega smilja in prve genske mikrosatelitske
označevalce (EST-SSRs) laškega smilja (Gabrovšek idr. 2024). Pridobi-
li smo 21.568.881 kakovostnih zaporedij, združenih v 24.806 kontigov s
povprečno dolžino 1.832 bp, kar po oceni, pridobljeni z analizo z orod-
jem BUSCO, znaša 48,6 % popolnega transkriptoma. Nato smo izvedli
funkcijsko anotacijo kontigov, s poudarkom na agronomsko zanimivih
lastnostih, kot so različni presnovki in biosintezne poti za terpenoide, po-
liketide, glikane ter druge sekundarne presnovke, odpornost na bolezni
in škodljivce ipd. V anotiranih transkriptih smo identificirali 1.999 popol-
nih mikrosatelitov. Najpogostejši so bili trinukleotidni motivi (70,03 %,
1.397), sledili so dinukleotidni (24,26 %, 484), tetranukleotidni (2,76 %,
55), heksanukleotidni (2,01 %, 40) ter pentanukleotidni (0,95 %, 19) mi-
krosatelitski motivi. Iz nabora anotiranih transkriptov z mikrosatelitski-
mi regijami smo, upoštevajoč domnevno funkcijo, izbrali 79 lokusov za
razvoj začetnih oligonukleotidov (Gabrovšek idr. 2024). Po končani opti-
mizaciji protokola pomnoževanja smo pri 31 (39,2 %) EST-SSRs pridobili
kakovostne pomnožke, medtem ko pri ostalih 48 (60,8 %) označevalcih
EST-SSRs pomnoževanje ni bilo uspešno ali pa so se pomnožili nespe-
cifični produkti. V nizu 31 EST-SSRs je bilo osem lokusov monomorfnih,
preostalih 23 pa polimorfnih, zato so potencialno uporabni za genetske
raziskave.

Raziskave laškega smilja z uporabo drugih označevalcev DNA
Pred razvojem vrstno specifičnih mikrosatelitskih označevalcev so bili
genski viri rodu Helichrysum na območju sredozemskega bazena preu-
čevani z različnimi označevalskimi sistemi. Mercè Galbany-Casals idr.
38