Page 36 - Laški smilj

Petra Gabrovšek idr.

označevalcev laškega smilja predstavlja dragoceno orodje za nadaljnje
selekcijske programe, karakterizacijo genskih virov in zaradi prenoslji-
vosti omogoča tudi raziskave sorodnih vrst laškega smilja.
Nukleotidno zaporedje genoma laškega smilja smo uporabili tudi za
sestavo celotne kloroplastne DNA (angl. Chloroplast DNA – cpDNA)
(Hladnik idr. 2019). Velikost kloroplastnega genoma laškega smilja je
152.431 bp in vsebuje 131 genov, od tega 85 protein kodirajočih genov,
36 genov za prenašalno RNA (angl. Transfer RNA – tRNA), osem genov za
ribosomsko RNA (angl. Ribosomal RNA – rRNA) in dva delna gena (ycf1,
rps19) (slika 3). Dolžina regije LSC (angl. Large Single Copy; večja enojna
kopija) znaša 84.445 bp, regije IR (angl. Inverted Repeats; inverzni oz. na-
sprotno orientirani ponovitvi) 24.773 bp in regije SSC (angl. Small Single
Copy, manjša enojna kopija) 18.440 bp. V kloroplastu adenin predstavlja
31,3 %, citozin 18,3 %, gvanin 18,8 % in timin 31,5 %.
Sestavljen kloroplastni genom nam je omogočil identifikacijo in razvoj
kloroplastnih mikrosatelitskih označevalcev (angl. Chloroplast Simple
Sequence Repeats – cpSSRs) (Hladnik idr. 2024). V cpDNA smo identifici-
rali 43 regij z mikrosatelitskimi ponovitvami. Največ je bilo mononukle-
otidnih mikrosatelitov (31; 72,1 %), sledili so dinukleotidni (9; 21,0 %) in
trinukleotidni (3; 6,9 %) (slika 4). 34 mikrosatelitov (79,1 %) smo odkrili
v regiji LSC, sedem (16,3 %) v regiji SSC, dva mikrosatelita pa smo iden-
tificirali v regijah IRA in IRB. Za vse najdene mikrosatelite smo dizajni-
rali pare začetnih oligonukleotidov in preizkusili uspešnost njihovega
pomnoževanja. Izbrani niz 16 polimorfnih kloroplastnih mikrosatelit-
skih označevalcev (cpHiUP) smo uporabili za genotipizacijo desetih po-
pulacij laškega smilja s Korzike (Francija) in z rta Kamenjak (Hrvaška).
Populacijsko analizo smo izvedli le z desetimi najboljšimi označevalci
(cpHiUP-01, cpHiUP-05, cpHiUP-06, cpHiUP-7, cpHiUP-08, cpHiUP-12,
cpHiUP-13, cpHiUP-14, cpHiUP-15, cpHiUP-15) in odkrili kar 38 haploti-
pov (specifična kombinacija alelov na več kloroplastnih mikrosatelitskih
lokusih), od tega 32 geografsko specifičnih ter deset privatnih alelov, zna-
čilnih za sedem populacij. Z vsemi desetimi kloroplastnimi mikrosatelit-
skimi označevalci je bilo pomnoževanje uspešno tudi na vzorcih H. lito-
reum in H. arenarium, s čimer smo potrdili 100-odstotno prenosljivost na
sorodne vrste. Skupno smo detektirali 56 alelov, od tega sedem unikatnih
za H. litoreum, šest za H. arenarium in 26 za H. italicum, medtem ko je bil
le en alel skupen vsem trem vrstam.

36