Page 33 - Laški smilj

Genetske in genomske raziskave laškega smilja

Sekvenciranje Helichrysum Sekvenciranje
genoma italicum transkriptoma

subsp. italicum
24 genomskih SSRs
HiUP 23 genskih SSRs
kloroplastni EST-HiUP
genom
H. italicum 16 kloroplastnih SSRs
cpHiUP

Genetska raznolikost populacij Identifikacija in selekcija
H. italicum genotipov

Korzika Italija
(Francija) Istra
(Hrvaška)

Slika 1 Genetske raziskave laškega smilja na UP FAMNIT: razvoj genoma in
transkriptoma ter treh nizov mikrosatelitskih označevalcev (HiUP,
cpHiUP, EST-HiUP)

Mikrosateliti laškega smilja in njihova uporabnost v genetskih
raziskavah
Raziskovalci Univerze na Primorskem, Fakultete za matematiko, naravo-
slovje in informacijske tehnologije (UP FAMNIT) smo prvi v svetovnem
merilu razvili mikrosatelitske označevalce laškega smilja. K odločitvi za ra-
zvoj je prispeval pregled genetskih raziskav in podatkovnih zbirk nukleo-
tidnih zaporedij za laški smilj v letu 2020, s katerim smo ugotovili, da so in-
formacije zanj izjemno skromne in omejene ter da ni razpoložljivih vrstno
specifičnih molekulskih označevalcev. Mikrosatelite smo razvili iz zapore-
dij, ki smo jih pridobili s sekvenciranjem genoma (DNA) in transkriptoma
(RNA) ter jih uspešno uporabili za identifikacijo genotipov in preučevanje
genetske raznolikosti naravnih populacij laškega smilja (slika 1).
Sekvenciranje genomske DNA smo opravili s tehnologijo Ion Torrent. Iz
pridobljenih 17.025.076 kakovostnih zaporedij s povprečno dolžino 245
baznih parov (bp) smo pridobili 450.590 daljših zaporedij ali kontigov v
skupni dolžini 258,6 Mbp, kar predstavlja 15,9 % predvidene celotne veli-
kosti genoma laškega smilja (Baruca Arbeiter idr. 2021).
Zložena nukleotidna zaporedja smo uporabili za razvoj mikrosatelit-
skih označevalcev. Mikrosatelitske motive je vsebovalo 8,19 % kontigov
(36.882), med katerimi so prevladovali dinukleotidni motivi (71,2 %;
33