Page 34 - Laški smilj

Petra Gabrovšek idr.

a) Dinukleotidi (71,2 %) Trinukleotidi (24,4 %) Tetranukleotidi (2,9 %) b) Pentanukleotidi (0,7 %) Heksanukl. (0,62 %)

30 75

Odstotek 20 Odstotek 50

10 25

0 0
TA/TA AT/AT TG/CA AC/GT GA/TC CT/AG Ostalo ATT/AAT ATA/TAT TAA/TTA GAT/ATC CAT/ATG TCA/TGA TTC/GAA TTG/CAA Ostalo TATT/AATA AAAT/ATTT CATA/TATG ATAA/TTAT GTAT/ATAC TAAA/TTTA ATTA/TAAT ACAT/ATGT TGTA/TACA GATA/TATC CTAT/ATAG Ostalo TTATA/TATAA TATAT/ATATA TTTTA/TAAAA AATAT/ATATT TTTAT/ATAAA ATCTA/GA

Slika 2 Pogostost dinukleotidov, trinukleotidov in tetranukleotidov (a) ter
pentanukleotidov in heksanukleotidov (b) v genomu laškega smilja

30.673), sledili so trinukleotidi (24,4 %; 10.519) in tetranukleotidi (2,9 %;
1.243), penta- in heksanukelotidi pa so skupno predstavljali najmanjši
delež (1,4 %) v genomu laškega smilja. Najpogostejši dinukleotidni mo-
tivi so bili TA/AT (36,1 %), AT/AT (31,3 %), TG/CA (10,1 %) in AC/GT
(8,8 %), medtem ko so bili najpogostejši trinukleotidni motivi ATT/AAT
(17,4 %), ATA/TAT (15,7 %) in TAA/TTA (13,5 %) (slika 2). V nadaljevanju
smo pregledali zložena nukleotidna zaporedja z mikrosatelitskimi motivi
po izbranih kriterijih in izbrali 60 zaporedij, primernih za razvoj zače-
tnih oligonukleotidov. Od 60 regij z razvitimi začetnimi oligonukleotidi
sta bila dva uspešno pomnožena lokusa monomorfna (0,9 %), preostalih
24 (41,8 %) pa polimorfnih. Končni niz vključuje 24 genomskih mikrosa-
telitskih označevalcev z oznako HiUP, katerih podatki so prosto dostopni
v podatkovni bazi GenBank (Baruca Arbeiter idr. 2021).
Mikrosatelitske označevalce smo uporabili v preliminarni raziskavi za
preučevanje genetske raznolikosti 27 rastlin laškega smilja z vzhodne
jadranske obale in rastlin, ki smo jih vzgojili iz kupljenega certificirane-
ga semena laškega smilja na trgu. Na lokusu HiUP-21 smo odkrili le dva
alela, največ alelov (15) pa smo odkrili na lokusu HiUP-23. V povprečju
smo z nizom HiUP 24 označevalcev pomnožili 8,5 alela na mikrosatelit-
ski lokus. Na podlagi analize nekaterih parametrov variabilnosti (število
efektivnih alelov, opažena in pričakovana heterozigotnost, informacijska
vrednost polimorfizma, verjetnost enakosti genotipov) smo izbrali deset
34